Sus funciones comprende todo lo relativo al estudio, programación, ejecución y control de la política presupuestaria de la Universidad, siendo sus funciones específicas las siguientes:

• Entender en lo relativo al estudio, programación, ejecución y control de la política económico-financiera y presupuestaria de la Universidad.
• Coordinar la actividad económico-financiera del Rectorado con las Unidades Académicas. Entender en todo lo relativo al patrimonio de la Universidad.
• Promover y coordinar el mejoramiento de la organización administrativa de la Universidad.
• Intervenir en los asuntos relacionados con la venta, adquisición o locación de inmuebles, valores, etc., de la Universidad.
  Supervisar la gestión económico-financiera de las dependencias del Rectorado.
• Entender en el servicio administrativo-contable de la Universidad.
• Promover y coordinar la mejor utilización, desarrollo y capacitación de los recursos humanos del sector no docente.
  Intervenir en los asuntos económico-financieros planteados por las unidades académicas, cuya resolución definitiva compete al Consejo Superior o Rectorado, como así también en todos los que éstos le sometan a su estudio.
• Asesorar a las autoridades de la Universidad en la resolución de todo lo relacionado con la planificación y el desarrollo del espacio físico de la Universidad, y entender en su estudio, tramitación y ejecución.
• Coordinar y supervisar la prestación de los servicios generales prestados desde el nivel central a las dependencias universitarias.

Debido que la Universidad Nacional del Comahue es regional y se encuentra inserta en el territorio de las provincias de Río Negro y Neuquén, los recursos presupuestarios que cuenta son distribuidos entre sus distintas sedes y de manera equilibrada entre ambas provincias.